La AMOCVIES, A. C. surge en septiembre de 1998, cuando contralores y auditores de universidades públicas coincidieron en un evento institucional de la Universidad Veracruzana y reconocieron la necesidad de intercambiar experiencias profesionales relacionadas con el control y la supervisión universitaria.
A partir de estas reuniones iniciales:
Los primeros grupos de trabajo abordaron temas como:
Formalizándose la creación de la asociación el 20 de enero del 2000, entonces en la ciudad de México, D.F, siendo sede la Universidad Autónoma Metropolitana.
Desde entonces, la Asociación ha consolidado una comunidad profesional que impulsa el fortalecimiento del control institucional universitario en México.